El caso Bankia fue el primero de los procesos judiciales en los que se vio implicado Rodrigo Rato. En julio del 2012, el juez de la Audiencia Nacional Fernando Andreu admitió a trámite las querellas de la plataforma 15MpaRato y de UPyD por la fusión de las siete cajas que dieron lugar a Bankia, y la salida a bolsa de esta entidad.
Hay 33 directivos y consejeros imputados, incluido Rato, que fue presidente de Caja Madrid y, después, de Bankia (hasta mayo del 2012, cuando el Gobierno intervino la entidad y puso a José Ignacio Goirigolzarri al frente). Los imputados son investigados por los presuntos delitos de estafa, administración desleal, apropiación indebida, falsificación de cuentas y maquinación para alterar el precio de las cosas. El 20 de diciembre del 2012, Rato compareció ante el juez, y culpó a José Luis Rodríguez Zapatero y Mariano Rajoy de la debacle de Bankia.
También se ha incluido en la causa la venta de participaciones preferentes, que arruinó a miles de afectados. Además, el juez Andreu investiga el pago de 6,2 millones del banco de inversión Lazard a Rato en el 2011. S. GUTIÉRREZ